Komaru Naegi wird seit einem Jahr in einem Apartment festgehalten. Ihre Rettung gerät außer Kontrolle, als plötzlich Hunderte von Monokuma angreifen. Sie tut sich mit Toko Fukawa zusammen, um den Monokuma und ihren einfallsreichen Kindern zu entkommen und die Geheimnisse der Stadt zu offenbaren.
Komaru Naegi wurde für mehr als ein Jahr in einem mysteriösen Appartement gefangengehalten. Eines Tages gelingt ihr die Flucht und sie versucht aus Towa City zu entkommen. Die Stadt wurde von einer Gruppe von Kindern übernommen, die mit Monokuma paktieren. Towa City soll ein Paradies für Kinder werden und daher müssen alle Erwachsenen sterben. Komaru bekommt Unterstützung von Toko Fukawa, mit deren Hilfe sie versucht, sich in der überrannten Stadt durchzuschlagen und dem ganzen Chaos ein Ende zu bereiten.
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