Die mehr denn je packende und cineastische Story von Killzone 3 knüpft an die Ereignisse des Vorgängers an: Diktator Visari ist tot. Der nukleare Gegenangriff der Helghast im Kampf um den Planeten Helghan hat nun die Flotte der ISA zerstört und die Bodentruppen zerstreut. Mann für Mann fallen nun in die Hände der Helghast oder werden getötet. Ohne Nachschub kämpfen die verbliebenen Truppen einen Kampf ohne Hoffnung, um ihre Kameraden zu retten und vom Planeten zu entkommen. Um zu überleben, müssen sich die hoffnungslosen ISA-Truppen auf ihren Angst einflößenden Gegner einstellen und dessen fürchterliches Arsenal gegen ihn werfen.